На диске ни какого makebootdisk.bat, boot.img нету. Но проблема решилась просто:
Всё содержимое CD я скопировал на fat раздел харда.
Далее создал загрузочную дискету с grub и в menu.lst прописал:
title Knoppix
kernel (hd0,5)/boot/isolinux/linux26 ramdisk_size=100000 init=/etc/init lang=ru vga=791 initrd=minirt26.gz BOOT_IMAGE=knoppix
initrd (hd0,5)/boot/isolinux/minirt26.gz
Всё заработало, причём кноппикс уверен что работает с СД.
Пробовал установить его нормально в ext3 при помощи knoppix-installer - установка прошла нормально, а после перезагрузки получаю: Kernel panic: attempted to kill init...
или что-то вроде этого.
Так что я понял кноппикс устанавливать на хард не надо, не работает с СД тоже не проблема - grub и fat раздел вам поможет...