Главное установить линукс так, чтобы он на диске был после раздела с виндой, потому что винда при загрузке берет из boot.ini (там строчка есть) порядковый номер раздела с самой собой... А если установить линукс "левее" винды, то придется потом подмонтировать раздел с виндой(слава Богу если это не NTFS!!!) и изменить это значение прибавив к нему количество разделов, созданных в процессе установки линуха(у меня это число равно 2, то есть своп и /, у других может быть и по-другому, например /boot может быть отдельным разделом, etc.)