Скачал исходники с kernel.org и linux-headers из репозитория Debian.
Применил патч.
#make patch_kernel
При этом (как написано в README на патч) патчатся исходники текущего ядра в /lib/modules/2.6.22-3-686/build.
Все проходит успешно, без сообщений об ошибках.
Далее:
#cd /lib/modules/2.6.22-3-686/build
#make menuconfig
После чего получаю сообщение об ошибке, описанное выше.