На сервере надо разрешить использование скриптов из директории /domain.ru/www/ (и соответственно на все ее поддиректории).  
 
httpd.conf  
==========  
 
<VirtualHost *:80>  
 ServerName domain.ru  
 ServerAlias domain.ru  
 ServerAlias http://www.domain.ru/  
 
 DocumentRoot "/usr/local/apache/domains/domain.ru/www/"  
 
 AddHandler cgi-script .cgi  
 
 <Directory "/usr/local/apache/domains/domain.ru/www/">  
 Options +ExecCGI  
 </Directory>  
 ScriptAlias /cgi-bin/ "/usr/local/apache/domains/domain.ru/cgi-bin/"  
</VirtualHost>  
 
<Directory "/usr/local/apache/domains/domain.ru/www">  
AllowOverride None  
Options Indexes FollowSymLinks ExecCGI  
Order allow,deny  
Allow from all  
</Directory>  
 
 
После запуска скрипта из директории /domain.ru/www/test/ в логах пишут следующее:  
 
No such file or directory: exec of /usr/local/apache/domains/domain.ru/www/test/index.cgi failed  
Premature end of script headers: /usr/local/apache/domains/domain.ru/www/test/index.cgi  
 
Что можно сделать?