Данная проблема полностью решилась после обращения в саппорт асуса.
Compatible mode в IDE Configuration выставлять не следует - резко падает трасфер жесткого диска (с 53 Mb/s до 1.5 Mb/s) даже при включенном ACPI. Надо было в IDE Configuration выставить не смешанный, а SATA mode + таймер определения устройств c 35сек сбросил в 0.
Так что, у ядра 2.6 проблем с ASUS нет, и эти материнки не кривые. Они гибко подстраиваются под конкретные цели, примерно также как gentoo. =)