Судя по всему, Вы неправильно установили загрузчик (в MBR / на раздел диска / на первый или второй винчестер). Для начала рекомендую отключить винчестер с виндой, оставить только винчестер, на который будете ставить линукс. Загрузчик ставьте в MBR. Потом, немножко освоившись, можно будет подключить винчестер с виндой и организовать двойную загрузку. На всякий случай создайте загрузочную дискету.