Вопрос не в ebuild'е и не в патчах, а в методе установки. emerge проверяет зависимости, и, при необходимости, доустанавливает нужные пакеты. Кроме того, как уже было сказано, при установке вручную все валится в /usr/local , а не в специфичные для Gentoo места. Что влечет необходимость вручную указывать пути и еще много чего. Кстати, при ручной установке и ищется все (либы, в-частности) тоже в стандартных, так сказать "общелинуксовых" местах, а не в специфичных для конкретного дистрибутива.