Есть проблема:
если ставить X в не стандартный каталог, то
простой пользователь не может их потом запустить
(X ругаются server must be SUID root, ...)
SUID'ы все на месте.
при установке по старинке в /usr/X11R6
всё работает - проверено на XFree86 4.3.0, 4.4.0,
Xorg 6.7.0, 6.8.0.