Есть проблема: 
если ставить X в не стандартный каталог, то 
простой пользователь не может их потом запустить 
(X ругаются server must be SUID root, ...) 
SUID'ы все на месте. 
при установке по старинке в /usr/X11R6 
всё работает - проверено на XFree86 4.3.0, 4.4.0, 
Xorg 6.7.0, 6.8.0.