Если просто нужно скомпилировать свою программу, то можно воспользоваться командой:
g++ исходники -o outfile
(man g++)
make - компилирует программу и может делать еще массу полезных вещей. При этом используются правила, которые програмист задает в файле Makefile. Про то, как написать этот файл правил, можно почитать, например, тут http://www.citforum.ru/operating_systems/gnumake/gnumake_01. shtml
Для справки можно посмотреть info make.