Чтобы прога ставилась туда куда ты хочешь при configure пишешь префикс то есть:
./configure --prefix=/usr/bin(share)/"proga"
но насамом деле это бессмысленно ведь тебе для вызова проги предется все время путь писать полный вроде
$/usr/proga/imya, а не просто $imya в шеле.
А так лучше прочти в исходниках файл INSTALL и сначала запусти configure --help и почитай что там пишут.
И прочти что-нить по основам unix что б понять почему способ установки как у дяди била не желательна в unix-like системах.