Т.е., при установке виртуальный SCSI-диск виден, а при запуске установленного gentoo - нет? В таком случае, причину нужно искать в конфигурации ядра, которое Вы компилировали. Драйвера какие выбирали? Кроме того, встроенные в ядро, или модулями?
По поводу 20005.1 - нормально ставится на машины с Intel чипсетами, проблем с SATA нет, с экзотикой типа nVidia могут быть варианты.