1. Linux не работает с дисками через БИОС соответственно ему все равно что там в БИОС понавыключено с дисками.
2. Для одного физического диска может быть только один MBR
3. Физический IDE диск первый будет hda, разделы hdaX, где X - номер раздела, второй будет hdb и т.д. в зависимости от того, как они подключены, а не перетасованы в БИОС.