Лучше ставить antix, а не debian.
Если диск выйдет из строя, то и загрузчик grub2 нужно ставить на оба диска, причём и файлы загрузки и номера дисков должны совпадать.
Но диск может не выйти из строя, а сломаться один из файлов линукс и в итоге линукс не загрузится, в этом случае данная схема не поможет и придётся грузиться с флешки и переустанавливать grub таким образом, чтобы он грузил линукс с нужного диска.