все зависит от того, как читать из файла.
если это чистые винапи функции ввода/вывода, то на им на последовательности перевода каретки действительно плевать, но чистый апи - ИМХО неудобно. а вот если использовать, скажем объект на основе класса CStdioFile из MFC, то 0D0A считать в виде последовательности байтов не получится, зато есть функция чтения строки целиком
К чему это я: винда файлы не делит на те или иные, их делит программист в зависимости от потребностей.