Уговорить gcc сделать это для одного *.с файла, я надеюсь, тебе не составляет труда (man gcc). а с ядрышком все куда круче. Обрабатывается то makefile, а значит В НЁМ придется менять
1) команды
2) зависимости
Но и это, увы, может не помочь, ведь даже синтаксически правильное ядро вешается неплохо...
Я давно уже начинал таким путем:
брал из /usr/src/.../linux/conf дефолтовые конфиги и
постепенно их оптимизировал. Да-да, делая полную компиляцию red hat 7.1 на PI-200 32Mb. Сначала она (с модулями) шла часа 3. потом меньше часа...