Если отключить, то тогда выбор придется делать посредством BIOS. Либо вручную прописать в загрузчике Linux раздел с виндовс. Лучше на одном из винчестеров создать пустой раздел нужного размера (ну, или весь диск выделить), установить на него Linux. Второй диск с разделами не трогать при установке. Инсталлятор тогда сам по идее пропишет Windows в меню загрузчика.