Интересная тема! Человек конкретно попал. Особенно если не специалист в Linux. Тема очень интересная, но неблагодарная. Труд огромный и пока (и если) все не отладится нервов будет потрачено немеряно. Попробовал поискать что-нибудь в помощь, но сходу нашел только вот это:
http://referat.medion.ru/48/240-2416.ZIP
Сомневаюсь что там без воды))
Видел в магазине хорошую книжку про построение сети на Linux и именно с аспектами перехода с Windows, но забыл как называется
От себя хочу предложить такие соображения. Выпишите все, что должна уметь ваша сеть. Определитесь с узкими местами. То есть проверьте как будет работать LDAP, 1С. Чтобы не получилось так, что сделаете DNS, DHCP, апач, самбу, почту и окажется что все это нафиг не надо, потому что "мы хотим адресную книгу ну точно такую как в Exchange".