Вкратце так: LFS - это руководство по сборке собственной системы (ну и саму систему так называют заодно). Создатели сего морочатся со сборкой софта и подробно документируют, что и как делать. Примерно так.
Свой дистрибутив вы теоретически можете пересобрать. Для этого понадобятся пакеты с исходниками все необходимого вам софта, которые (исходники) вы соберете и установите, получив "такую же" систему, как у вас сейчас, но, допустим, с оптимизацией, которую вы зададите компилятору при сборке. На самом деле, игра, ИМХО, не стоит свеч Если нужно что-то особенное, проще установить минимальную систему c любого дистрибутива + необходимый софт. Если не устраивает, как собран необходимый софт в дистрибутиве - его можно собрать самостоятельно, но минимальную системe проще ставить все равно уже собранную, если в ваши планы, конечно не входит мучаться со сборкой glibc, написанием загрузочных скриптов и т.п. Кроме того, в любом дистрибутиве предусмотрено какое-либо средство управления пакетами, следовательно вы сможете безболезненно обновлять некоторые компоненты по мере необходимости.