Из определения:
MTU (англ. Maximum Transmission Unit) определяет размер (в байтах) максимального блока, который может быть передан на канальном уровне коммуникационного протокола.
Когда пакеты идут по VPN, на них еще "надеваются" дополнительные служебные пакеты этого VPN. В результате общий MTU, который отправляется в инет, увеличивается. Ну а это в результате может вызвать разные проблемы в передающем оборудовании провайдера, вплоть до того, что это оборудование не будет пропускать пакеты вообще.